研究生在进行论文万方比对时，可以选择使用万方数据库提供的在线查重工具，也可以使用一些第三方的论文查重工具进行比对。其中，万方数据库提供的比对工具通常能够全面覆盖其数据库中的文献资源，具有较高的准确性和权威性。此外，还有一些第三方的论文查重工具，如Turnitin、iThenticate等，也能够进行较为准确的比对。研究生在选择比对方法时，可以根据自身需求和学校要求进行选择。

除了使用在线查重工具进行万方比对外，研究生还可以采用手动比对的方法。这种方法需要研究生将论文中的引用文献逐一与万方数据库中的文献进行对比，以确认是否存在重复引用或抄袭现象。虽然这种方法比较费时费力，但能够更加全面地检查论文的原创性和学术规范性，是一种较为严谨的比对方法。同时，研究生还可以结合使用在线查重工具和手动比对方法，以提高比对的准确性和全面性。